
有机化学硕博经验分享(24):如何设计控制实验以研究反应机理?
2025年08月14日 8 次浏览编者按:控制实验是非常专业的反应机理验证的技术。笔者仅仅学了些皮毛,大部分知识来自于文献阅读。笔者只能用不甚严谨的语言,描述自己的观点。内容必有疏漏,请各位读者批评指正。
内容摘要:
一、氘代标记实验
二、动力学同位素效应(KIE)实验
三、原位核磁跟踪反应进程
四、中间体捕获实验
五、中间体在关键反应中的表现
六、催化物种浓度或ee值对反应的影响
七、严格且定量地控制反应条件
八、光介导反应的特殊实验
九、特殊底物的反应
十、DFT计算
正文部分:
一、氘代标记实验
氘代标记实验有两类。第一类是将底物中关键位置的H替换成D,看产物中是否存在氘代,哪里氘代,氘代率是多少。由此可以获得两个重要信息:从氘的位置倒推碳架的变动,氘代率判断反应中是否存在H/D交换,推测可能是哪个环节发生交换。上述信息可以有力地验证既有的机理推测,或为推测机理提供重要依据。要点:
① 氘代底物/原料的制备:氘代氢化锂铝(d₄-LAH/LiAlD₄)、氘代硼氢化钠(NaBD₄)和氰基硼氘化钠(NaBD₃CN)是最常用的氘代还原试剂。例如:氘代醛(CDO)可将酯用LiAlD₄还原/DMP氧化制得;苄基只氘代一个氢,可用(1-溴乙基)苯与LiAlD₄反应制得;两个苄氢都氘代可用苯乙酸钠与氘水(D₂O)交换后再还原等。其他特殊氘代产物的合成方法需要详细查阅文献确定,例如3-氘噻吩可从3-胺基噻吩出发,以d₈-THF作溶剂制得。当然也可以直接花钱买。
② 氘代原料的收谱:只收氢谱,不收碳谱。严格来说氘对H的耦合会产生裂分,但我接触的氘代化合物的谱图中,被氘代的H的峰直接消失(99% D)或显著变矮(≤90% D),其他峰几乎没有变化。
③ 氘代原料要严格保存,标识清晰,不能与非氘代原料混淆。
④ 氘代原料的关键反应,从粗核磁到过柱后的核磁都要做,而且与非氘代的产物谱图详细对照,确定氘在产物中的具体位置。原料和产物的氘代率更要仔细对比,消除匀场质量高低、积分范围多寡对积分值的影响等偶然因素。
⑤ 如果氘代率没有损失,一切好说。如果氘代率出现显著损失,例如原料99%D而产物50%D,需要设计新的实验以求证,至少要验证氘代率的降低与反应条件、试剂等有无关系。例如,我的课题是有机碱催化的反应,最佳条件下使用的碱会降低氘代率,其他碱就不会。因为其他碱的化学结构与最佳碱有显著区别,为我们确定机理提供了重要证据。
第二类氘代标记实验是不使用氘代原料,而将反应涉及的试剂、溶剂等逐个替换为氘代试剂/溶剂,看产物的氘代情况。如果氘代率高,说明产物的氢来自被替换的试剂/溶剂;如果在氘代溶剂中反应产物氘代率低,则用干燥的氘代溶剂+大过量的氘水反应,如果氘代率高则产物的氢来自溶剂中的水。
二、动力学同位素效应(KIE)实验
动力学同位素效应,指将原料中某个原子替换成它的稳定同位素,看关键反应的速率有无变化。如果反应速度变慢了,说明该原子所处的化学键在反应中起关键作用,即“该反应存在显著的动力学同位素效应”。
同位素效应实验可以将氢替换成氘,也可以将氧(¹⁶O)替换成 ¹⁸O或把碳(¹²C)替换成¹³C。由于只有氢和同位素D的质量相差最大(50%),而氧和碳差距小,所以KIE值差距十分明显。再加上多数时候只用一级动力学同位素效应(Primary KIE)研究机理,所以KIE实验几乎都把氢替换成氘。
如果“关键作用”指同位素原子所处的化学键的断裂与形成发生在反应的“决速步”(Rate-Determining Step)中,那么这是一级动力学同位素效应(Primary KIE),是最常用的机理研究策略。所谓“决速步”,即整个反应中的最慢一步。如果一级KIE值>2.0时,则认为“具有显著KIE效应”。严格说来,如果发现KIE效应,C-H断裂可能是决速步。但如果没发现KIE效应,则C-H断裂一定不是决速步。
如果“关键作用”指同位素原子所处化学键没有断裂,但键可能变弱或导致相关原子状态变化,最终导致反应速率略有差异,那么这是二级动力学同位素效应(Secondary KIE)。例如氘代后,由于原子振动对C-D键影响比C-H小,能量障碍低,所以反应可能稍快。然而,二级KIE比一级KIE影响小得多,理论上一级KIE值 ≈ 6.5,二级KIE值只有0.71~0.41。
KIE实验有三种做法:① “一锅”分子间竞争实验(intermolecular competition):氘代原料和非氘代原料各一半(例如各0.1 mmol),同时投入反应(总反应规模仍是标准的0.2 mmol),看哪个消耗得更快;② 分子内竞争实验(intramolecular competition):原料内有两个反应位点,将其中一个替换为氘,投入反应后看哪个位点反应更容易;③ 平行实验(parallel experiment):将氘代原料和非氘代原料分别投反应(例如开两个反应,规模均为0.2 mmol),各自测定反应速率。
但是,竞争实验与平行实验的结果有可能出现区别。例如,平行实验可能观察不到KIE效应,但竞争实验有;分子间竞争没有,但分子内竞争有(可能是D代后出现手性碳导致D/H不等价)。
KIE值的计算:kH/kD,即非氘代原料(正常原料)的反应速率常数与氘代原料的反应速率常数的比值。对于①和②来说,kH/kD为非氘代产物与氘代产物的比例,由核磁确定。由于①和②可以确保C–H键和C–D键的反应在相同反应条件下发生,因此二者相较于③具有更高的准确度。其中②的误差比①还小,但原料合成可能更复杂;①的氘代/非氘代原料可能相互影响;对于③来说,速率常数要在低转化率下(纵轴<30%)通过产率(纵轴)与反应时间(横轴)的线性拟合算出,故虽然直接了当但反应条件必须高度一致。
三、原位核磁跟踪反应进程
例如,研究苯偶酰与亚磷酰胺生成Kukhtin-Ramirez 加合物的反应,需要用NMR跟踪反应。由于K-R加合物不稳定,与亚磷酰胺一样对水氧敏感,因此需要向杨氏核磁管(即阀门核磁管,无水无氧专用,是一个细长的封管)中放入苯偶酰并用油泵置换氩气三次,再送入手套箱;手套箱中还有用低温减压蒸馏法制备、与分子筛一同保存在溶剂存储瓶(Schlenk拧口管)中的超干CD₂Cl₂和分装的亚磷酰胺;在手套箱中拧开杨氏核磁管的旋塞,加入 CD₂Cl₂ 并用微量进样器加入亚磷酰胺,反应由此开始。
使用同一台核磁,在反应10分钟、20分钟、30分钟、50分钟、16小时分别扫¹H-NMR和³¹P-NMR ,在核磁老师的协助下上样(过于粗大必须手动上样):10分钟时,¹H-NMR在7.28-7.00 ppm中出现三组新的信号峰,³¹P-NMR出现23.01 ppm和-9.13 ppm等两组主要信号峰,16小时后-9.13 ppm的信号峰消失,但-34.68 ppm的信号峰愈来愈强。
由此说明:① 加合物的生成非常迅速,10分钟基本结束;② 苯偶酰的K-R加合物可以在室温下稳定存在一段时间,久置仍会分解。
注意:① 你需要测得苯偶酰在CD₂Cl₂的¹H-NMR和亚磷酰胺在CD₂Cl₂中的³¹P-NMR,因为即使从SciFinder找到.jpg格式的谱图也找不到源文件,故无法用Mestrenova直观对比,而CDCl₃中测定的谱图因氘代溶剂不同,信号峰位移有差别而不能用于对比;② 杨氏核磁管很贵,使用前必须洗净、烘干,避免水分干扰;测试时既要小心无法弹出,也要小心弹出时磕碎顶部。
读者在实操中,应结合自身反应特点设计核磁跟踪实验。文献中也有¹¹B-NMR(10.1039/d5sc00190k; 10.1002/anie.202315232)和¹⁹F-NMR(10.1021/jacs.5c05035)的跟踪实验。
四、中间体捕获实验
① 自由基淬灭/探针实验:向反应体系中加入自由基捕获剂,如TEMPO、galvinoxy(加尔万氧基自由基)、BHT、苯醌、DPPH、硝基苯醌、四甲基苯醌、苯基-N-叔丁基硝酮等,如反应产物形成被显著抑制(产率暴跌)且检测到捕获物(核磁产率最好,HRMS测得也行)则反应存在自由基中间体;如果反应没有受到影响则反应不太可能由自由基路径进行。此外还可根据反应特质,加入1,1-二苯基乙烯、丙烯酸苄酯、二甲基富马酸酯或Hantzsch酯(HE)等非经典捕获剂,视其对反应的影响(使用HE观察到“氢化”产物等)。
② 自由基钟实验:使用环丙基取代的原料投入反应,看是否出现环丙烷开环的产物。如果出现,结合自由基捕获实验可确证确实存在自由基中间体(环丙基甲基自由基可以重排成烯丁基自由基);如果环丙基在产物中完整保留,则不太可能存在自由基中间体。
③ 外加亲核试剂捕获碳正离子中间体,可以理解为特殊的底物拓展。
五、中间体在关键反应中的表现
用其他手段制得(多为查阅文献+分步合成)或从反应体系中分离出推测的中间体/催化物种,先用各种手段进行表征,再在标准条件下投入反应,观察反应能否照常发生。如果得不到产物,说明预期中间体不是真正中间体;如果能则看反应的(非)对映选择性和产率有无显著变化。如果没变化,说明实验结果支持了我们对反应中间体的推测。
如分离或制得的中间体/催化物种是有机小分子,表征手段包括氢谱、碳谱和高分辨质谱;如是金属配合物,则包括ICP-OES(电感耦合等离子体发射光谱仪)进行元素分析;Mossbauer光谱(穆斯堡尔谱)和XPS(X射线光电子能谱)研究核的价态和磁性质等。²⁷Al还可以打核磁。
反应体系的实时监测则有如下手段:① UV-Vis(紫外-可见光谱)研究反应体系中催化剂的电子状态;② ESR(电子自旋共振谱)和EPR(电子顺磁共振谱)可以判断反应体系中是否存在自由基;③ HRMS(高分辨质谱)检测是否存在关键中间体等;④ 核磁(见第三部分),可观察到中间体的信号。
例① 推测降蒈二烯是环丙烷在质子酸活化下扩环重排的中间体,于是用Lewis酸催化的氢芳基化反应/脱卤制得降蒈二烯,发现其在质子酸活化下反应,以优秀的产率得到一样的产物,说明降蒈二烯就是中间体。
例② 推测4-炔基-2,3-二氢呋喃是质子酸活化的串联Cloke-Wilson重排/水解的中间体,于是用富电子原料在Lewis酸催化下制得4-炔基-2,3-二氢呋喃,随后在质子酸催化下反应,以优秀的产率得到同样产物,推测得证。
六、催化物种浓度或ee值对反应的影响
例① 浓度依赖性研究(J. Am. Chem. Soc. 2025, 147, 28313–28321):作者以环丙醇为原料,发现催化剂浓度与[环丙基产物与开环产物的比例]呈线性关系,说明催化剂浓度越高,自由基中间体越容易被捕获而不会引起环丙烷开环,证明了作者推测的“自由基逃逸机制”。10.1021/jacs.5c01228则发现反应速率与金属配合物、原料的浓度成正比(一级反应);与另一原料和试剂的浓度无关(零级反应)。
例② 非线性效应研究(nonlinear effects study, J. Am. Chem. Soc. 2025, 147, 7282–7292; J. Am. Chem. Soc. 2025, 147, 25264–25272; 10.1002/anie.202506157):作者使用不同ee值的手性配体进行反应,发现产物的ee值与配体的ee值呈线性关系,说明参与立体决定步骤的复合物中金属与配体是1:1配位(仅涉及一个手性中心)。
例③ 反应动力学研究(10.1002/anie.202509778):作者测定不同反应时间下两种产物的产率并绘图,两者形成速度如有显著差别,则形成速度快的产物具有动力学优势。
七、严格且定量地控制反应条件
例① 完全遮光下(光开关实验)、不加催化剂、不同配体的钯的催化剂、不加碱、把溶剂换成别的类似结构的溶剂,能否生成产物。可以理解为特殊且重要的条件筛选。
例② 研究叔丁醇钾促进的去甲酰化反应,最初发现反应的非对映选择性波动很大。推测原因是久置的分装的叔丁醇钾吸潮,于是我们在严格除水的条件下反应(手套箱中叔丁醇钾+玻仪与磁子热风枪500℃现吹),并不断外加叔丁醇,观察反应结果。发现叔丁醇越多,构型保持产物越多;严格除水且无外加叔丁醇时,只有构型翻转的产物。
八、光介导反应的特殊实验
声明:以下内容是笔者读文献+查书积攒来的一点小知识。
① 光致发光/荧光淬灭实验(Stern-Volmer quenching experiment),可绘制激发态的光敏剂的I₀/I(不加淬灭剂的荧光强度与加了淬灭剂的荧光强度的比值)与某一反应物浓度的关系图,如果两者是线性关系,则该物质为淬灭剂。
② 循环伏安法(cyclic voltammetry experiment)绘制电流-电势曲线,测定各物质的氧化电位,判断是否可能出现单电子转移(电有机化学也需要该方法)。
③ 荧光量子产率(quantum yield of fluorescence)是光反应中光量子的利用率,量子产率>1表示反应为链式反应,<1表示反应为非链式反应。
九、特殊底物的反应
例① 在参与反应官能团彼此间“碳链距离”不变的情况下,将母环苯基替换成环己烯基、长链烷基会得到怎样的产物?大位阻的原料得到新的产物、中间体、不反应还是反应乱?在其他地方减小位阻或增大活性(换为更富电子的杂环)能不能得到目标产物?据此判断中间体形成等重要步骤对位阻的敏感程度。对电子效应的敏感度也可设计类似实验验证。
例② 分别使用两种构型的光学纯(手性)原料反应,产物是否消旋?
例③ 分子间交叉实验:两种不同取代的原料(乙酰基和对甲苯基,有不同化学环境下的甲基)各取0.1 mmol在标准条件下反应。看产物是各自对应的产物还是交叉产物,据此判断反应是否为协同过程。
十、DFT计算
密度泛函理论可以计算原料、产物、中间体和过渡态的能量搭建反应势能面,确定反应能垒,据此优化过渡态结构和反应路径;预测反应位点、揭示反应选择性;模拟溶剂对反应的影响等。显然,理论计算是一门专业的学问,其结果需要与以上九部分所获实验数据相互验证。